No tempo em que Timor era província ultramarina portuguesa não havia universidades no território. Os poucos timorenses que prosseguiam estudos no ensino superior faziam-no, por norma, em Portugal.

A história da educação superior de Timor-Leste começou ainda no tempo da ocupação da Indonésia, quando em 1 de Outubro de 1986, foi fundada a Universitas Timor Timur(UNTIM), por iniciativa do Engº Mário Viegas Carrascalão, timorense que trabalhava na Organização das Nações Unidas (ONU) e que foi nomeado pelo governo Indonésio como Governador da Província de Timor Timur (atual Timor-Leste).

Esta instituição privada estava vocacionada para a formação de gestores intermédios, técnicos agrícolas e professores do ensino secundário. Não oferecia cursos como Arquitetura, Direito ou Medicina, nem a investigação era uma área em desenvolvimento. Os contactos internacionais eram rigorosamente controlados.

Em 1990 foi fundada a Politeknik Dili (no atual Campus de Hera), também seguindo o programa de desenvolvimento do Governador da Província.

Em 1998/99 a UNTIM chegou a ter 4 mil estudantes e 73 professores. No entanto, a percentagem de ingresso de timorenses era muito baixa quando comparada com a dos imigrantes indonésios. Também a percentagem dos professores vindos da Indonésia era muito alta. As estatísticas confirmam que 20% dos professores primários e 98 % dos professores secundários e universitários não eram timorenses.

Em 1999, as duas instituições universitárias existentes foram destruídas e saqueadas pela milícia apoiada por militares indonésios. Como consequência da vitória pela independência, no referendo que foi organizado pela ONU, 95% dos professores, que eram da Indonésia, abandonaram o país.

A Universidade Nacional Timor Lorosa´e (UNTL), a primeira e única universidade pública do novo país Timor-Leste, foi fundada em 17 de Novembro de 2000, como resultado da reorganização e integração da Universitas Timor Timur e da Politeknik Dili, sob a direção do Reitor Armindo Maia. No processo de integração, tanto o ensino técnico como o superior passaram a ser ministrados pela UNTL.

Com o apoio internacional, a nova UNTL estabeleceu-se nas instalações restauradas do antigo Liceu Dr. Francisco Machado, da antiga Escola Técnica Dr. Silva Cunha, na ex-Escola Canto Resende e, mais tarde, também no espaço do antigo Politécnico em Hera e no edifício que antes tinha albergado a UNTIM.

Nos primeiros tempos, a maioria das salas de aula estavam praticamente despojadas do material essencial ao ensino, incluindo mobília. Para além disso, muitas das pessoas tecnicamente mais habilitadas para o ensino superior acabaram por ser atraídas para lugares no Governo ou na Administração Pública deste jovem país.

Foi contando com o esforço e dedicação de alguns professores e alunos da antiga universidade e da escola politécnica, que a UNTL conseguia lecionar para quase 5 mil alunos em Novembro de 2000.

A UNTL, quando foi criada no ano 2000, contava com cinco faculdades:

  • Agricultura;
  • Ciências Políticas e Sociais;
  • Ciências de Educação;
  • Economia;
  • Engenharia. 

Logo a seguir foram criados o Centro Nacional de Investigação Científica e o Instituto Nacional de Linguística que, entre outras iniciativas, promove o desenvolvimento do tétum, uma das 2 línguas oficiais do país.

Mais tarde, por meio de proposta da Fundação das Universidades Portuguesas (FUP) foram criados novos departamentos em algumas Faculdades.

O número de Faculdades voltou a aumentar em 2005 com a fundação da Faculdade de Medicina e da Faculdade de Direito.

A partir de 2007, foram oferecidos os primeiros cursos de Pós-Graduação “lato sensu”em Timor-Leste, na Faculdade de Ciências da Educação, por iniciativa da Cooperação Brasileira no âmbito de “Programa de Capacitação de Docente e Ensino da Língua Portuguesa”, cooperação entre MEC/Capes e MEC-TL.

Em 2009, foi criado um programa de Pós-Graduação - Mestrado na Área de Avaliação, na Faculdade de Ciências da Educação, e de Ciência e Tecnologia na Faculdade de Engenharia, em convênio firmado com a Universidade do Minho – Portugal, suportado peloprograma Edulink denomiado PosCaveT (Pósgraduação Cavo Verde e Timor-Leste).

Em contínuo crescimento, no ano de 2015 a UNTL contava com:

  • 9 Faculdades;
  • 8 Centros de Investigação;
  • 37 cursos de Bacharelato e Licenciatura;
  • 16 cursos de Pós-Gaduação e Mestrado;
  • 630 Professores (442 nacionais e 188 internacionais);
  • 348 Funcionários Administrativos;
  • 11.000 Alunos.